Согласно пункту 6 статьи 346.25 НК организации и предприниматели, применявшие УСН, при переходе на общий режим вправе принять к вычету НДС, который не был отнесен к расходам УСН, при применении УСН. Конституционный суд в определении от 22.01.2014 № 62-О указал, что налогоплательщики, применявшие УСН с объектом обложения "доходы", это делать не вправе, поскольку они не определяли расходы для целей налогообложения (статья 346.18 НК). То есть, выбирая объект налогообложения, налогоплательщики решают, когда и каким образом им выгоднее распорядиться принадлежащим им правом, в том числе с учетом налоговых последствий своих действий (размера налоговой ставки, особенностей ведения налогового учета и последствий перехода на иную систему налогообложения).

Суды (постановление кассации Ф07-3125/2016 от 30.06.2016) отметили, что, поскольку предприниматель применял УСН с объектом налогообложения "доходы", он был не вправе относить НДС к расходам, вычитаемым из налоговой базы при УСН, и, соответственно, применять налоговые вычеты по НДС после перехода на общий режим.