Добрый день!
Вам отвечает эксперт Справочно-правового сервиса Норматив https://normativ.kontur.ru/

Дело в том, что НДФЛ – особенный налог. Он уплачивается только из доходов налогоплательщиков – физических лиц. Организация , выступающая в роли налогового агента, не имеет права уплачивать данный налог за счет своих средств. Поэтому в случае образования переплаты по НДФЛ зачет суммы налога в счет будущих платежей тоже по НДФЛ, не допускается – данные суммы не могут считаться суммами налога, удержанных у конкретных физических лиц. О том, что зачесть переплаченную сумму в счет предстоящих платежей по НДФЛ нельзя указывает и Минфин России в своих Письмах от 16.09.2014 № 03-04-06/46268, от 12.11.2014 №03-04-06/57158).


Иначе говоря, НДФЛ – это не тот налог, который можно заплатить «авансом» на год вперед. Он перечисляется в бюджет каждый раз при выплате дохода физическому лицу.

Переплата по НДФЛ в бюджет может образоваться по следующим причинам:
- налоговый агент излишне удержал и перечислил в бюджет НДФЛ с сумм дохода, выплаченного физическому лицу. Когда ошибка в исчислении НДФЛ установлена и доходы налогоплательщика откорректированы, то излишне удержанная и перечисленная сумма НДФЛ должна быть возвращена физическому лицу. А так как налоговый агент эту сумм уже перечислил в бюджет, то, соответственно, организация должна обратиться в налоговый орган за возвратом излишне уплаченных сумм НДФД.

- организация ошибочно перечислила больше НДФЛ, чем удержала из доходов работников. То есть, в учете все исчислено верно, но по каким то причинам при перечислении налога в бюджет допущена ошибка в сумме налога.


Исходя из условий вашего вопроса следует, что сумма НДФЛ удержана верно, то есть возникшая переплата не является излишне удержанной.


В такой ситуации данная сумма является ошибочно перечисленной и согласно разъяснениями контролирующих органов должна быть возвращена организации по ее заявлению как ошибочно перечисленная (Письма Минфина России от 29.04.2014 № 03-04-05/20252, ФНС России от 04.07.2011 № ЕД-4-3/10764, от 19.10.2011 № ЕД-3-3/3432@).

Порядок возврата таких сумм регулируется ст. 78 НК РФ, так как ничего иное в НК РФ не установлено и налоговые агенты также имеют право на своевременный зачет или возврат сумм излишне уплаченного налога и правила, указанные в ст. 78 НК РФ, распространяются в том числе и на налоговых агентов ( п. 1 ст. 21 НК РФ, п. 2 ст. 24 НК РФ, п. 14 ст. 78 НК РФ).

Таким образом, сумму переплаты по НДФЛ можно зачесть в счет недоимки по налогу на прибыль, так как это налоги одного уровня - федеральные.
Но для того, чтобы доказать, что переплата по НДФЛ не является суммами налога, удержанными из доходов налогоплательщиков – физических лиц, а является именно вашими денежным средствами, как ошибочно перечисленными, надо провести с налоговой инспекцией акт сверки и предоставить подтверждающие документы.
Например, справки по форме 2-НДФЛ, реестр сведений о доходах физических лиц, платежные документы, подтверждающие факт излишне перечисленного налога (Письмо Минфина России от 03.04.2009 N 03-04-06-01/76).

После подтверждения налоговым органом наличия переплаты по НДФЛ вы можете написать заявление о зачете данной переплаты в счет недоимки по налогу на прибыль.